تأسست كلية الطب البشري جامعة المرقب سنة 1999 م، وتم اعتماد مستشفى الخمس العام ومستشفى زليتن العام كمستشفيات تعليمية يكون أعضاء هيئة التدريس بالكلية من الاخصائيين والاستشاريين بالمستشفيات المذكورة والتي كانت تتبع الحدود الإدارية لشعبية المرقب سابقاَ.
كما اعتمدت الكلية على لفيف من الأساتذة الزوار من جمهورية مصر العربية الشقيقة من جامعة الأزهر الشريف وجامعة عين شمس وغيرها لتدريس بعض المقررات الأكاديمية التي لم يتوفر بها أساتذة ليبيين، واستضافت الكلية خلال العشرين سنة الماضية أساتذة ممتحنين من جميع كليات الطب الليبيية وبعض الممتحنين الأجانب الذين أشادو بالمستوى التعليمي لطلاب الكلية.